Phật giáo Nhật Bản có rất nhiều tông phái khác nhau. Ở đây trình bày hệ phả và liệt kê tông phái của 13 tông phái theo hệ thống thường được nhắc đến phổ biến hơn cả là hệ "Thập tam tông thập lục phái":

• Phật giáo Nara ("Nam đô lục tông": 6 tông phái kinh đô phương nam, thời Nara)
  • Hoa Nghiêm Tông (bản địa): khai tổ là Shinshō (Thẩm Tường), đặt cơ sở tại chùa Tōdaiji (Đông Đại Tự)
  • Pháp Tướng Tông: khai tổ là Dōshō (Đạo Chiêu), đặt cơ sở tại chùa Kōfukuji (Hưng Phúc Tự), Yakushiji (Dược Sư Tự),...
  • Luật Tông: khai tổ là hòa thượng Ganjin (Giám Chân), đặt cơ sở tại chùa Tōshōdaiji (Đường Chiêu Đề Tự)
• Phật giáo Heian ("Bình An nhị tông": 2 tông phái thời Heian) và Mật Tông
  • Chân Ngôn Tông (Đông Mật): khai tổ là Kūkai (Không Hải – sư Hoằng Pháp), đặt cơ sở tại chùa Tōji (Đông Tự) núi Hachiman'yama (Bát Phiên Sơn), chùa Kongōbuji (Kim Cương Phong Tự) núi Kōyasan (Cao Dã Sơn),...
  • Thiên Thai Tông (Tây Mật): khai tổ là Saichō (Tối Trừng – sư Truyền giáo), đặt cơ sở tại chùa Enryakuji (Duyên Lịch Tự) núi Hieizan (Tỉ Duệ Sơn),...
• Pháp Hoa (hệ Phật giáo Pháp Hoa thời Kamakura)
  • Nhật Liên Tông: khai tổ là Nichiren (Nhật Liên – sư Lập Chính), đặt cơ sở tại chùa Kuonji (Cửu Viễn Tự) núi Minobusan (Thân Duyên Sơn),...
• Tịnh Độ (hệ Phật giáo Tịnh Độ thời Kamakura)
  • Tịnh Độ Tông: khai tổ là Hōnen (Pháp Nhiên – sư Viên Quang), đặt cơ sở tại chùa Chi'on'in (Tri Ân Viện) núi Kachōzan (Hoa Đỉnh Sơn), chùa Kōmyōji (Quang Minh Tự) núi Hōkokuzan (Báo Quốc Sơn), chùa Zenrinji (Thiền Lâm Tự) núi Shōjuraigōsan (Thánh Chúng Lai Nghênh Sơn),...
  • Tịnh Độ Chân Tông (cũng gọi là Chân Tông, Nhất Hướng Tông): khai tổ là Shinran (Thân Loan – sư Kiến Chân), đặt cơ sở tại chùa Nishihonganji (Tây Bản Nguyện Tự) núi Ryūkokuzan (Long Cốc Sơn), chùa Higashihonganji (Đông Bản Nguyện Tự),...
  • Dung Thông Niệm Phật Tông: khai tổ là Ryōnin (Lương Nhẫn – sư Thánh Ứng), đặt cơ sở tại chùa Dainenbutsuji (Đại Niệm Phật Tự)
  • Thời Tông: khai tổ là Ippen (Nhất Biến – sư Viên Chiếu), đặt cơ sở tại chùa Shōjōkōji (Thanh Tịnh Quang Tự) núi Fujisawayama (Đằng Trạch Sơn)
• Thiền (hệ Phật giáo Thiền thời Kamakura) và Thiền tông
  • Tào Động: khai tổ là Dōgen (Đạo Nguyên – sư Thừa Dương), đặt cơ sở tại chùa Eiheiji (Vĩnh Bình Tự) núi Kisshōzan (Cát Tường Sơn), chùa Sōjiji (Tổng Trì Tự) núi Shogakusan (Chư Nhạc Sơn)
  • Lâm Tế (bản địa): khai tổ là Eisai (Vinh Tây – Thiên Quang quốc sư), đặt cơ sở tại chùa Kenninji (Kiến Nhân Tự), Engakuji (Viên Giác Tự), Myōshinji (Diệu Tâm Tự), Tōfukuji (Đông Phúc Tự),...
  • Hoàng Bách: khai tổ là Ingen (Ẩn Nguyên – sư Chân Không), đặt cơ sở là chùa Manbukuji (Vạn Phúc Tự) núi Ōbaku (Hoàng Bách)